tRNA分子 ,均可排布成三叶草模型的二级结构（图1）.它由3个环,即D环〔因该处二氢尿苷酸（D）含量高〕、反密码环（该环中部为反密码子）和TΨC环〔因绝大多数tRNA在该处含胸苷酸（T）、假尿苷酸（Ψ）、胞苷酸（C）顺序〕,四个茎,即D茎（与D环联接的茎）、反密码茎（与反密码环联接）、TΨC茎（与 TΨC环联接）和氨基酸接受茎〔也叫CCA茎,因所有tRNA的分子末端均含胞苷酸（C）、胞苷酸（C）、腺苷酸（A）顺序,CCA是连接氨基酸所不可缺少的〕,以及位于反密码茎与TΨC茎之间的可变臂构成.不同tRNA的可变臂长短不一,核苷酸数从二至十几不等.除可变臂和D环外,其他各个部位的核苷酸数目和碱基对基本上是恒定的.