A、公式F=G
Mm
R2中G为引力常数，由卡文迪许通过实验测得．故A错误；
B、公式F=G
Mm
R2中从数学角度讲：当R趋近于零时其值是趋于无穷大，然而这是物理公式，所以R不可能为零．万有引力公式只适合于两个可以看做质点的物体，即，物体（原子）的自身半径相对两者的间距可以忽略时适用．而当距离无穷小时，相临的两个原子的半径远大于这个距离，它们不再适用万有引力公式．故B错误；
C、m1、m2之间的万有引力是属于相互作用力，所以总是大小相等，与m1、m2的质量是否相等无关，却与它们的质量乘积有关．故C正确；
D、m1、m2之间的万有引力总是大小相等方向相反，是一对相互作用力．不是一对平衡力．故D错误；
故选：C