解题思路：现代进化理论的基本内容是：①进化是以种群为基本单位，进化的实质是种群的基因频率的改变．②突变和基因重组产生进化的原材料．③自然选择决定生物进化的方向．④隔离导致物种形成．物种形成最常见的方式是通过突变和重组产生可遗传变异，经过漫长年代的地理隔离积累产生生殖隔离，从而形成新物种．
A、达尔文自然选择学说的主要内容是：过度繁殖、遗传和变异、生存斗争、适者生存．所以达尔文的自然选择学说也认同可遗传的变异是生物进化的原材料，A正确；
B、共同进化是不同物种之间，生物与无机环境之间，在相互影响中不断进化和发展．所以生物的共同进化都是通过无机环境对生物的不断选择来完成的，是错误的，B不正确；
C、生物进化的实质是种群基因频率的改变，物种形成最常见的方式是通过突变和重组产生可遗传变异，经过漫长年代的地理隔离积累产生生殖隔离，从而形成新物种．所以种群基因频率变化反映出生物的进化，但不一定形成了新物种．C正确；
D、自然选择决定生物进化的方向．所以说变异是不定向的，进化方向是确定的，这个方向由自然选择决定，D正确．
故选B．
点评：
本题考点： 自然选择学说的要点；生物进化与生物多样性的形成．
考点点评： 本题考查生物进化和物种形成的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题的能力．