A、O2和O3是由氧元素组成的不同单质，互为同素异形体，故A错误；
B、正丁烷与异丁烷是分子式相同，但结构不同的有机化合物，互为同分异构体，故B错误；
C、12C和14C是质子数相同，但中子数不同的原子，互为同位素，故C正确；
D、Na2O和Na2O2是由钠元素和氧元素组成的不同的化合物，故D错误；
故选：C．
A、O2和O3是由氧元素组成的不同单质，互为同素异形体，故A错误；
B、正丁烷与异丁烷是分子式相同，但结构不同的有机化合物，互为同分异构体，故B错误；
C、12C和14C是质子数相同，但中子数不同的原子，互为同位素，故C正确；
D、Na2O和Na2O2是由钠元素和氧元素组成的不同的化合物，故D错误；
故选：C．