解题思路：细胞质基质、线粒体基质、叶绿体基质，这些基质都是一些溶胶状的液体状态，在基质中含有很多的酶，酶的种类与功能有关．
A、细胞质基质、线粒体基质和叶绿体基质功能不一样，所以成分也不一样，A正确；
B、细胞质基质是新陈代谢的主要场所，线粒体基质是有氧呼吸的第二场所，叶绿体基质是暗反应的场所，进行很多的生化反应，含有大量的酶，B正确；
C、细胞质基质、线粒体基质和叶绿体基质发生很多的生化反应，新陈代谢比较旺盛，含有较多的自由水，C正确；
D、细胞质基质中不含有DNA，线粒体基质和叶绿体基质中含有少量的DNA，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 线粒体、叶绿体的结构和功能；核酸的种类及主要存在的部位．
考点点评： 生物体的结构和功能是相适应的，细胞质基质、线粒体基质和叶绿体基质在结构和功能上有相类似的地方，需要在平时学习的过程中进行总结、比较．