在家呆了一段时间,格列佛又随"好望号"出海.这一次,格列佛所乘的船遭贼船劫持,格列佛侥幸逃脱,被一座叫"勒皮他"的飞岛救起.这些人的相貌异常,衣饰古怪,整天沉思默想.国王和贵族都住在飞岛上,老百姓则住在巴尔尼巴比等三座海岛上.格列佛离开飞岛后,来到巴尔尼巴比进行访问,并参观了岛上的"拉格多科学院".这所科学院研究的部是些荒诞不经的课题,结果造成全国遍地荒凉,房屋坍塌,人民无衣无食.
接着,格列佛来到巫人岛.岛上的总督精通魔法,能随意召唤任何鬼魂,格列佛因此会见了古代的许多名人,结果发现史书上的记载很多不符合史实,甚至是非颠倒.尔 后,格列佛又游览了拉格耐格王国,见到一种长生不老人"斯特鲁布鲁格".离开该国后,格列佛来到日本,然后乘船回到英国.
格列佛回家后五个月,受聘为"冒险号"船长,再次乘船出海.途中水手叛变,把他囚禁了几个月,然后被放逐到"慧驷国".在这里,格列佛遭到一种形状像人的名为"耶胡"的畜生的围攻.幸亏一匹具有智慧的马——"慧驷"来给他解了围.原来马是该国有理性的居民和统治者,而"耶胡"则是马所豢养和役使的畜生.格列佛的举止言谈在"慧驷"国的马民看来是一只有理性的"耶胡",因此引起了他们的兴趣.格列佛很快学会了该国语言,应主人的邀请,他谈到在世界其他地方马是畜生,而像他那样的"耶胡"则具有理性,并且是马的主人.这使"慧驷"感到很震惊.
在"慧驷"各种美德的感化下,格列佛一心想留在"慧驷"国.然而"慧驷"国全国代表大会通过决议要消灭那里的耶胡.所以格列佛的愿望无法实现.无奈之下,格列佛只好乘小船离开该国打道回府.格列佛怀着对"慧驷国"的向往,一辈子与马为友.