解题思路：基因一般是指具有遗传效应的DNA片段，其基本组成单位是脱氧核苷酸；一个DNA分子上可含有成百上千个基因，而DNA主要分布在细胞核的染色体上，因此染色体是基因的主要载体，且基因在染色体上呈线性排列．
A、在DNA分子结构中，与脱氧核糖直接相连的一般是两个磷酸基和一个碱基，故A错误；
B、基因一般是指具有遗传效应的DNA片段，一个DNA分子上可含有成百上千个基因，故B正确；
C、基因的组成单位是脱氧核苷酸，且脱氧核苷酸的排列顺序代表遗传信息，也决定了基因的特异性，故C正确；
D、DNA主要分布在细胞核的染色体上，因此染色体是DNA的主要载体，且一条染色体上含有1个（间期或末期）或2个DNA分子（分裂期），故D正确．
故选：A．
点评：
本题考点： DNA分子结构的主要特点；基因与DNA的关系．
考点点评： 本题考查DNA分子结构、基因和染色体的关系，意在考查考生的识记能力和能理解所学知识要点，把握知识间内在联系，形成知识网络结构的能力；能运用所学知识，准确判断问题的能力．