解题思路：人口的自然增长主要是由出生率和死亡率决定的．人口自然增长率与经济发展水平有密切联系．近几十年来，随着生活和医疗水平的提高，婴儿死亡率逐渐降低，人的寿命不断延长．
出生率=[出生人口数/总人口数]×100%=100÷5000×100%=20%．死亡率=[死亡人口数/总人口数]×100%=40÷5000×100%=8%．自然增长率=出生率-死亡率=20%-8%=12%．
故选：B．
点评：
本题考点： 计算人口密度和人口自然增长率．
考点点评： 正确理解人口自然增长率的含义是掌握该知识点的前提．