解题思路：基因工程是指按照人们的意愿，进行严格的设计，并通过体外DNA重组和转基因等技术，从而创造出更符合人们需要的新的生物类型和生物产品．
A、“工程菌”是指利用基因工程技术将外源基因导入受体细胞的过程，所以与基因工程有关，A错误；
B、基因治疗是指把正常基因导入病人体内有缺陷的细胞中，使该基因的表达产物发挥功能，从而达到治疗疾病的目的，所以与基因工程有关，B错误；
C、蛋白质工程的本质是通过基因改造或基因合成，对先有蛋白质进行改造或制造新的蛋白质，所以被形象地称为第二代基因工程，所以与基因工程有关，C错误；
D、杂交育种是利用基因重组的原理将具有不同优良性状的个体杂交，从子代杂合体中逐代自交选出能稳定遗传的符合生产要求的个体，属于常规育种，与基因工程无关，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因工程的原理及技术；杂交育种；蛋白质工程．
考点点评： 本题考查基因工程原理、技术及运用的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题和解决问题的能力．