解题思路：现代生物进化理论的基本观点：种群是生物进化的基本单位，生物进化的实质在于种群基因频率的改变；突变和基因重组产生生物进化的原材料；自然选择使种群的基因频率发生定向的改变并决定生物进化的方向；隔离是新物种形成的必要条件．
A、隔离是物种形成的必要条件，所以物种形成肯定要经过隔离，A错误；
B、生物进化的实质是种群基因频率的改变，B错误；
C、基因突变是不定向的，不能决定生物进化的方向，C错误；
D、自然选择通过作用于个体而影响种群的基因频率，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 现代生物进化理论的主要内容．
考点点评： 本题考查现代生物进化理论的主要内容，要求考生识记现代生物进化理论的主要内容，能对选项作出准确的判断，属于考纲识记层次的考查．需要注意的是C选项，要求考生明确变异是不定向的，不能决定生物进化的方向．