A、鸟类的肺进行气体交换，气囊只能贮存气体，故A说法错误；
B、营养不良会引起各种疾病，人体缺乏维生素A会患夜盲症、皮肤粗糙等，维生素A主要存在于动物肝脏、鱼肝油等食物中．缺乏维生素D易患佝偻病和骨质疏松，动物肝脏、鱼肝油等食物中也含有丰富的维生素D．故B说法正确；
C、光合作用在光下进行，呼吸作用在活细胞内进行，蒸腾作用受温度、空气的湿度和空气的流动状况的影响，夜晚和白天都能进行，故C说法错误；
D、保护生态系统的多样性是保护生物多样性的根本措施．最有效的措施是建立自然保护区，故D说法错误．
故选：B．