解题思路：凝胶色谱法是根据分子量的大小分离蛋白质的有效方法，相对分子质量小的蛋白质进入凝胶颗粒内部，路程长，移动速度慢，而分子量大的蛋白质无法进入凝胶颗粒内部的通道，只在外部移动，则移动速度较快．在发酵过程中，随着酒精度的提高，红葡萄皮上的色素进入发酵液，使得葡萄酒成红色．醋酸菌属于好氧型细菌，发酵需要的条件是持续通入空气．
A、蛋白质通过凝胶时，相对分子质量较大的蛋白质不进凝胶颗粒内部，移动速度较快；故A错误．
B、葡萄酒呈现红色的原因是在发酵过程中红葡萄皮的色素进入发酵液，使得葡萄酒呈现深红色；故B错误．
C、制作果醋时应持续通人无菌空气以保证醋酸菌正常代谢；故C错误．
D、参与果酒发酵的微生物是酵母菌，属于真核细胞，含有多种细胞器，果醋发酵的微生物是醋酸菌，只有一种细胞器核糖体；故D正确．
故选D．
点评：
本题考点： 酒酵母制酒及乙酸菌由酒制醋．
考点点评： 本题考查蛋白质的提取和分离、果酒和果醋制作的相关知识，意在考查学生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系，形成知识的网络结构．