解题思路：孟德尔遗传定律的实质是杂合子细胞在减数分裂第一次分裂的后期，同源染色体上的等位基因分离的同时非同源染色体上的非等位基因自由组合．
A、基因的自由组合定律的遗传实质：位于非同源染色体上的非等位基因的分离或组合是互不干扰的．在进行减数分裂形成配子的过程中，同源染色体上的等位基因彼此分离，同时非同源染色体上的非等位基因自由组合，A正确；
B、两对相对性状遗传时分别符合基因分离定律，这两对基因若位于一对同源染色体上，就不遵循基因自由组合定律了，B错误；
C、减数分裂过程中产生的雌、雄配子数目不相等，一般是雄配子数远多于雌配子数，C错误；
D、杂交后代出现性状分离，且分离比为3：1，不一定为常染色体遗传，如XBXb与XBY杂交，后代的性状分离比是3：1，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用；基因的分离规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查基因的自由组合定律的实质及应用、基因的分离规律的实质及应用等相关知识点，意在考查学生对所学知识的理解与掌握程度，培养了学生析题解题、综合应用的能力．