因为it是形式主语.
that he has made a very important discovery in chemistry.这是that引导的主语从句.是真正的主语.
不是同位语从句,同位语必须有先行词,比如：
The news that we won the game is exciting.
that从句是同位语从句,他是news的同位语,说明的是news的内容,
你给的句子根本没有像news一样的先行词!
不是说一定是主语从句,只是说it是形式主语,比如：
It is fun to play computer games.
这里就不是主语从句,而是不定式做主语.