A、皂化反应是碱（通常为强碱）和酯反应，生产出醇和羧酸盐的反应，有新物质生成，为化学变化，故A错误；
B、用乙烯催熟水果，在乙烯气体氛围中，水果会进行一系列化学反应，内部碳水化合物反应，积累糖分使水果成熟，有新物质生成，为化学变化，故B错误；
C、从煤中提炼苯，属于煤的干馏，煤干馏得到的煤焦油中，主要成分为苯．而干馏是一个复杂的化学反应过程，包括脱水、热解、脱氢、热缩合、加氢、焦化等反应．因此，从煤中提炼出苯不是物理变化，而是化学变化，故C错误；
D、把煤焦油加热进行分馏是根据沸点的不同将物质分开，没有新物质生成，属于物理变化，故D正确；
故选：D．