我做Y2H很久了.pGBKT7和pGADT7不要同时转入细胞,要先转入一个,平板培养,挑单菌落做液体培养,再转入另一个质粒,同时转入两个质粒的效率太低.我做的时候转化率很高,从来没有出现过问题,转入第一个质粒（pGBKT7）通常在SD-Trp平板上可以有3000-4000个菌落,再转入pGADT7后,在双选择平板SD-Trp-Leu上至少也可以收获400-500个菌落.需要注意的是,细胞转入pGBKT7后,在-Trp上挑选单菌落做液体培养时,不要用YPD培养液,要用SD-Trp培养液,这样才可以使转化的细胞充分生长.
转化实验的条件也很重要,如果你觉得这中间有什么不放心,你可以把protocol发给我看看.我这里AH109长得很好,但实验室在国外,估计没法给你.
另外,你说AH109培养不好,是在什么选择平板上?在转完两个质粒以后做实验筛选时,应该先做LacZ和MEL1的显色,再做HIS3,最后做ADE2（因为ADE2的选择是最stringent的）.还有什么问题可以继续问我.
如果你愿意,可以把你的质粒邮寄给我,我免费帮你做一下都可以.