总体上分为颗粒状有机物和溶解性有机物,颗粒状有机物在普通显微镜下可以观察到,它包括有生命的有机体（浮游动植物、细菌菌团等）和无生命的有机物颗粒,后者在水中可逐渐沉降.溶解性有机物包括真溶液状态和胶体状态两种,又可分为类脂物质、氨基酸、烃类、碳水化合物、维生素及腐殖质等.主要的有机物有以下几种：（1）碳水化合物 天然水体中的碳水化合物包括各种单糖和复杂的多糖类,海水中碳水化合物的总浓度为200-600ug*L-1.天然水中碳水化合物主要来源于浮游植物的光合作用,它是许多微生物和水生生物的营养物,易被分解,其水解产物为五碳糖和六碳糖；（2）腐殖质 在天然水域和土壤中,尤其是泥碳和腐泥中,广泛存在着分子组成复杂、性质较为稳定、而化学成分不十分确定的一类有机化合物,通常称为腐殖质,显然是多种物质的综合体,它们中大部分的成分和结构至今尚不十分清楚,有些研究者认为,由于成因不同海水和淡水中腐殖质有所差异.但是这类物质基本均是动植物尸体经过一系列物理、化学和生物过程形成的.腐殖质通常可以看作是低聚物（相对分子质量为300-30000）,含有酚羟基和羟基,有较低数量的脂族羟基.根据其在碱x性和酸性溶液中的溶解度,腐殖质通常划分为以下三种：①腐殖酸,在碱性溶液中溶解,但酸化后即沉淀；②富里酸,这是腐殖质中在酸化水溶液中存在的部分,也是在整个pH范围内都溶解的部分；③腐黑物,以酸或碱都不能提取的部分.这三种腐殖质结构相似,但相对分子质量和官能团含量不同,富里酸相对分子质量可能低于腐殖酸和腐黑物,但亲水基团较多.Schnitzer根据分级分离和降解研究指出,富里酸是由酚和苯羧酸以氢键结合而成,形成聚合物结构,具有相当的稳定性.子对河水中腐殖酸盐的凝聚作用有关.
（3）类脂化合物 类脂化合物是能被非极性或弱极性有机溶剂萃取的组分,如长链脂肪酸、脂肪酸酯或蜡酯、长链醇、磷脂、甾族化合物等,萃取时,虽然烃类可同时被萃取,但习惯上将它们另归一类.
（4）含氮有机物 水体中含氮有机物主要是氨基酸和多肽,氨基酸是蛋白质的基本组成单元,其主要来源于浮游生物的代谢和分解产物,它能为异养微生物提供有机物质和能源,通常存在于淡水、海水中的是低分子量的氨基酸（如甘氨酸,丙氨酸和丝氨酸等）,总氨基酸含量一般为10-100ug/L.此外水体中存在的含氮化合物还有尿素、嘌
呤和尿嘧啶等,它们也是水生生物的降解产物.
（5）烃类 烃类能与类脂物同时被有机溶剂萃取,在环境污染的监测中,水体中烃类有其特殊的重要性.石油烃类的存在与人类活动有关,进入水体中的石油可导致水体缺氧,从而造成对生物的威胁,而卤代烃类农药和多氯联苯是人工合成物,而自然界中又不存在分解这些化合物的酶类,因此它们在水体中滞留时间很长,不易被分解,具有很高的生物毒性.
（6）维生素 在天然水体中已检出的维生素有硫胺素（维生素B1）、钴胺素（维生素B12）和生物素（维生素H）,它们在水体中的含量极微,但与生物生长关系十分密切.（7）其它化合物 除了上述几种主要化合物外,在水体中已检出的还有丙酮、丁酮、甲乙酮、丁醛、糠醛、核酸、甲烷、乙烷、丙烷、乙酸乙酯和某些刺激素和生长抑制剂等有机化合物.