解题思路：基因是有遗传效应的DNA片段．遗传信息是指基因中脱氧核苷酸（碱基）的排列顺序，不同基因的脱氧核苷酸的排列顺序不同，这是不同基因的本质区别．据此答题．
等位基因是位于同源染色体相同位置，控制相对性状的基因，二者的本质区别在于基因片段中脱氧核苷酸的排列顺序的差别，即碱基序列不同．
故选：C．
点评：
本题考点： 基因和遗传信息的关系．
考点点评： 本题知识点简单，考查基因和遗传信息的关系，要求考生识记等位基因的概念，明确等位基因之间的本质区别是碱基序列不同，再根据题干要求选出正确的答案即可．