解题思路：现代进化理论的基本内容是：①进化是以种群为基本单位，进化的实质是种群的基因频率的改变．②突变和基因重组产生进化的原材料．③自然选择决定生物进化的方向．④隔离导致物种形成．
A、基因突变产生新基因，自然选择不决定新基因的产生，A正确；
B、地理隔离使种群间基因不能相互交流，会导致种群基因库间的差异，B错误；
C、自然选择过程中，直接受选择的是表现型，C错误；
D、基因突变是不定向的，生物进化的方向是定向的，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 生物进化与生物多样性的形成．
考点点评： 本题考查生物进化内容，理解现代生物进化理论内容是解题的关键．