解题思路：育种方法的比较如下表：
杂交育种
诱变育种
单倍体育种
多倍体育种
方法
杂交→自交→选优
辐射诱变、激光诱变、化学药剂处理
花药离体培养、秋水仙素诱导加倍
秋水仙素处理萌发的种子或幼苗
原理
基因重组
基因突变
染色体变异（染色体组先成倍减少，再加倍，得到纯种）
染色体变异（染色体组成倍增加）
A、育种中筛选过程实质上是通过人工选择而不是自然选择实现种群中抗病基因频率的定向提高，A错误；
B、培育抗病抗倒伏小麦可通过单倍体育种，利用花粉细胞具有全能性进行花药离体培养，由于秋水仙素能抑制纺锤体的形成，再用秋水仙素处理单倍体幼苗使染色体数目加倍，从而获得纯合体，B正确；
C、杂交育种可以将不同亲本的优良性状重组到一个个体上，因此可通过杂交育种过程需要不断筛选、自交，直到矮秆抗病个体的后代不发生性状分离为止，C正确；
D、培育矮秆抗病小麦也可以通过诱变育种的方法，利用射线、亚硝酸盐等处理矮秆不抗病小麦种子可实现抗病的突变，但成功率低，D正确．
故选：A．
点评：
本题考点： 杂交育种；生物变异的应用．
考点点评： 本题考查杂交育种、生物的变异的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题和解决问题的能力．