解题思路：A、根据一氧化碳是由一氧化碳分子构成，而二氧化碳是由二氧化碳分子构成进行解答；
B、根据金刚石和石墨都是由碳原子构成的进行解答；
C、根据碳酸钠和硝酸钾的离子构成进行解答；
D、根据氧气和液氧是状态不同进行解答．
A、一氧化碳是由一氧化碳分子构成，而二氧化碳是由二氧化碳分子构成，所以CO和CO2有差异是因为构成它们的分子种类不同，故A正确；
B、金刚石和石墨都是由碳原子构成的，金刚石和石墨有差异是因为构成它们的碳原子的排列方式不同，故B错误；
C、碳酸钠是由钠离子和碳酸根离子构成，而硝酸钾是由钾离子和硝酸根离子构成，所以Na2CO3和KNO3有差异是因为构成它们的离子种类不同，故C正确；
D、氧气和液氧是状态不同，所以氧气和液氧有差异是因为构成它们的分子间隔不同，故D正确．
故选：B．
点评：
本题考点： 利用分子与原子的性质分析和解决问题．
考点点评： 本题难度不大，掌握物质的性质是即可正确解答本题．