微生物工程又叫发酵工程.对微生物进行生物工程改造,包括基因工程技术、转基因生物技术、合成生物学技术等,以及工业化应用微生物发酵生产的工程等.发酵是微生物特有的作用,在几千年前就被人类认识了,并且用来制造酒、面包.微生物工程,是大规模发酵生产工艺的总称,就是利用微生物发酵作用,通过现代工程技术手段来生产有用物质,或者把微生物直接应用于生物反应器的技术.它是在发酵工艺基础上吸收基因工程、细胞工程和酶工程以及其他技术的成果而形成的.
生物合成 （biosynthesis）：生物体内进行的同化反应的总称.生物合成具有如下几种不同的生理意义.（1）合成生长增值所必需的物质.（2）在稳定状态时,合成用于补充消耗掉的成分的物质.（3）为长期和短期的贮藏,进行必要的合成.一般来说,生物合成是吸能反应,多数是朝向使分子结构复杂化的方向进行.能量供给最典型的是由ATP供给,也有通过GTP（例如：蛋白质合成,）UTP（糖合成）,CTP（磷脂的合成）供给的.也有利用还原型辅酶的（脂肪链的延长）.生物合成可分为由主要原料进行的全合成（从头合成,例如光合作用）和由部分分解产物进行可逆性的废物利用途径（例如：嘌呤核苷酸的转换.生物体内的各种生物合成途径互相间受到复杂的控制.
微生物工程是针对微生物的,其中也包含了生物合成相关技术；生物合成是针对所有物种的,当然也可在微生物工程中应用.