解析第（2）问：按每对性状单独分析可以得出F1的基因型有两种：AaRrEe和AarrEe.根据表一,如果只考虑茎的高度和果实形状这两对相对性状的话,F1测交的基因型变为AaEe和aaee,如果是自由组合则F2的表现型为表一的四种,但比例应为1：1：1：1,现为4：1：1：4,说明这两对相对性状的基因是连锁的.其中因高茎圆果和矮茎扁果的比例高,所以应该是高茎基因A和圆果基因E连锁,矮茎基因a和扁果基因e连锁.
解析第（3）问：根据表一结果和上述分析可以得出F1产生的雌雄配子共4种——AE、Ae、aE、ae,其比例为4：1：1：4.则自交产生的A-ee（高茎扁果）的比例=Ae雌雄配子结合的比例+Ae雌配子和ae雄配子结合的比例+Ae雄配子和ae雌配子结合的比例=1/10×1/10+1/10×4/10+1/10×4/10=9/100