解题思路：衣藻是真核生物，颤藻是原核生物，原核细胞与真核细胞相比，最大的区别是原核细胞没有被核膜包被的成形的细胞核，没有核膜、核仁和染色体；原核生物没有复杂的细胞器，只有核糖体一种细胞器，但原核生物含有细胞膜、细胞质结构，含有核酸的蛋白质等物质．
A、衣藻和颤藻细胞的外部形态不同，但这不是它们在细胞结构上的根本区别，A错误；
B、衣藻和颤藻细胞膜的化学组成基本相同，都是由磷脂和蛋白质组成，B错误；
C、衣藻是真核生物，颤藻是原核生物，两者的根本区别在于前者有核膜，后者无核膜，C正确；
D、前者有鞭毛，后者无鞭毛，但这不是它们结构上的主要求区别，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 原核细胞和真核细胞的形态和结构的异同．
考点点评： 本题以衣藻和颤藻为素材，考查原核细胞和真核细胞的形态和结构的异同，首先要求考生明确衣藻是真核生物，颤藻是原核生物；其次还要求考生识记原核细胞和真核细胞的异同，能对各选项作出正确的判断，属于考纲识记层次的考查．