首先将长句分前面的 As she looked up to see who I meant 是从句（因为有连词as引导）,两个横线中间的 though already knowing,probably,from my tone 是插入的部分,后面的 suddenly he looked at her ,the thinner one,the boyish one,the youngest,perhaps.是主句（因为有实际的谓语动词looked）.
插入的部分通常在全句中做的是状语,或者是主语或宾语的补语（就是主补和宾补）,在词性上状语是副词,补语是形容词,因此动词的形式必须是分词（现在分词或过去分词）,根据语态判断是主动,所以是现在分词 knowing.
整句话的意思是“（从句：）当她抬起头看我说的是谁的时候（插入：虽然可能已经从我的语气中知道了）,（主句：）他突然看了她,（同位语：补充说明'她'）那个瘦瘦的,男孩子气的,可能还是最小的女孩”