解题思路：常考的真核生物：绿藻、衣藻、真菌（如酵母菌、霉菌、蘑菇）、原生动物（如草履虫、变形虫、疟原虫）及动、植物．
常考的原核生物：蓝藻（如颤藻、发菜、念珠藻、蓝球藻）、细菌（如乳酸菌、硝化细菌、大肠杆菌、结核杆菌等）、支原体、放线菌．
此外，病毒既不是真核也不是原核生物．
A、肺结核的病原体是结核杆菌，属于原核生物，A错误；
B、疟疾的病原体是疟原虫，属于真核生物，B正确；
C、沙眼的病原体是衣原体，属于原核生物，C错误；
D、流行性感冒的病原体是病毒，既不是真核生物，也不是原核生物，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 原核细胞和真核细胞的形态和结构的异同．
考点点评： 本题设计较新颖，以疾病为背景，考查原核细胞和真核细胞形态和结构的异同，首先要求考生能准确判断各种疾病的病原体的名称；掌握一些常考的生物所属的类别，特别是原核生物，包括蓝藻、细菌、支原体、衣原体、放线菌，其中对于细菌的判断，要掌握技巧，一般在菌字前有“杆”、“球”、“螺旋”和“弧”等字样的都为细菌．