解题思路：由于这条河流将生活在美国科罗拉多大峡谷的Abert松鼠分隔成两个种群，由于地理隔离，它们之间不能进行基因交流，通过自然选择，生活在峡谷北侧的种群在形态和体色等方面都发生了明显变化，人们叫它Kaibab松鼠，但它们之间不一定存在生殖隔离，如果能杂交且产生可育后代则仍为同一物种．
A、峡谷南、北两侧的自然环境不同，则对Abert松鼠两个种群的选择方向不同，A正确；
B、河流的分隔导致地理隔离，使峡谷南、北两侧的Abert松鼠间没有基因交流，B正确；
C、只能判断Kailab松鼠与峡谷南侧Abert松鼠间存在地理隔离，不能判断出现生殖隔离，C错误；
D、由于南、北两侧的自然环境不同，则选择方向不同，进而使两个种群的基因库出现差异，D正确．
故选：C．
点评：
本题考点： 物种的概念与形成．
考点点评： 解答本题的关键是掌握物种形成与地理隔离和生殖隔离的关系．