（1）在本实验中，起到对照作用的是2号瓶，其余组为实验组．因为只有2号瓶分别与其他几个瓶子的变量是惟一的，也就是说2号瓶分别与1、3、4号瓶为对照组．
（2）由1与2比较得出水是种子萌发的条件；由2与3比较得出温度是种子萌发的条件；由2与4比较得出空气是种子萌发的条件，所以三组实验得出种子萌发所需要的条件是适宜的温度、一定的水分和充足的空气．
（3）要探究光对种子萌发的影响，就需要设计以光照为惟一变量的对照组，由于2号瓶处于有光的环境中，所以另取一瓶编号为5号，放少量水置于温暖黑暗的环境中，观察其萌发的情况．如果种子也萌发，结论，种子的萌发不需光．
（4）由于淀粉遇碘变蓝的特性，可以鉴定种子内含有淀粉的位置，在玉米粒的纵切面上滴加碘液，切面的大部分变成蓝色，而在玉米种子的切面结构中，只有胚乳占了大部分面积，所以得出被染的结构是玉米的胚乳，玉米种子贮藏的养分主要在胚乳中．
故答案为：（1）2号瓶
（2）适宜的温度、适量的水和充足的空气是种子萌发的环境条件
（3）另取一瓶，编号为5号，在2号瓶设置的条件基础上，放到暗处或遮光，种子也萌发，结论，种子的萌发不需光
（4）碘液；胚乳