解题思路：A、根据原子的构成考虑；B、根据物质的构成微粒考虑；C、根据构成原子的基本微粒是质子、中子、电子考虑；D、根据原子的性质考虑．
A、原子分为原子核和核外电子，故A错；
B、构成物质的基本微粒是分子、原子、离子，故B正确；
C、原子是由质子、中子、电子构成，故C错；
D、原子的性质有：原子在不断运动、原子之间有间隔，原子的体积、质量很小等．
故选B．
点评：
本题考点： 原子的定义与构成；分子、原子、离子、元素与物质之间的关系；分子的定义与分子的特性．
考点点评： 解答本题关键是要知道原子的构成，物质的构成，熟悉原子的性质和特点．