解题思路：细胞的分化是指在个体发育中，由一个或一种细胞增殖产生的后代，在形态、结构和生理功能上发生稳定性差异的过程；细胞分化发生在生物体的整个生命进程中，是一种持久性变化，分化导致的稳定性差异一般是不可逆转的．
A、细胞分化就是指细胞在形态、结构和功能上发生稳定差异的过程，A正确；
B、亚显微结构水平就是细胞器水平，细胞的功能与细胞器的种类和数量密切相关，B正确；
C、从蛋白质分子的角度分析，细胞分化是蛋白质种类、数量、功能改变的结果，C正确；
D、细胞分化过程细胞中遗传物质不发生改变，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 细胞的分化．
考点点评： 本题考查了细胞分化不同水平的分析，要求考生能够识记细胞分化的定义、特点、实质等知识；明确细胞分化只是基因选择性表达的结果，其遗传物质并没有发生改变，难度不大，属于考纲中识记层次的考查．