1.两个句子语法都正确,意思稍有不同.前一个句子,表面上的意思是“你为什么要做你现在正在做的这件事情”,但是在实际情况中,可以灵活地翻译为“你这是在干嘛!”“你这是何必呢?”等等.比如说,某人在教室的桌子上乱涂乱画,旁边的人看到了,便愤怒地质问TA：“Why are you doing it?” 虽然问的是“why”,但实际上问的人并不关心为什么,只是对这个人的行为很愤怒,相当于中文的“你这是在干嘛!”,同理,这个句子在其他的情境下有其他的意思.后一个句子,跟前一个句子不同的地方在于,它关注一个人经常性的行为,而不是现在正在进行的行为,比如说,某个人每天都在给图书馆做义务清洁,一段时间以后,TA的好朋友终于忍不住问TA：“Why do you do it?”意思就是“你为什么这么做?”.
2.都是正确的.why you used it / why you use it 不是完整的句子,只是短语；why do you use it?是完整的句子.如果要提问,就用后面这个句子.why you used it / why you use it 可以用在句子中作为一个部分,比如：“I don't know why you used it.” 意为“我不知道你为何使用它.”
3.be后面可以加[1]名词、[2]代词、[3]数词、[4]形容词.分别举例如下：[1] It is a book.[2] It's me.[3] The answer is 5.[4] That is big.对句子用一般疑问句进行提问 和 进行否定变化的时候要用到助动词do,例如句子：You like apples.一般疑问句：Do you like apples?否定句：You do not like apples.*另外一种特殊的情形是,表示强调做某个动作时,在动词前面加do.例如：I do like it.意为“我确实喜欢它”.