一个氨基酸分子的羧基（-COOH）和另一个氨基酸分子的氨基（-NH2）相连接,同时失去一分子的水,形成-NH-CO-,这种结合方式叫做脱水缩合.（其中羧基提供一个OH,氨基提供一个H.）
最简单的肽是由2个氨基酸分子脱水缩合而组成,成为二肽,二肽含有1个肽键.
氨基酸脱水的机理是氨基脱氢,羧基脱去羟基,从而形成肽键,并脱去一分子水.两分子氨基酸脱水缩合时,一般形成链状的二肽(若一条肽链由N分子氨基酸脱水缩合而成,则一般情况下称之为N肽）,此时只生成一分子水(若由N分子氨基酸脱水缩合成为M条肽链,则脱去N-M分子水,形成N-M条肽键）.如果形成环状物质,即两分子氨基酸的羧基和氨基均脱水缩合,就会生成两分子水.
脱水缩合还存在于多糖、核酸的形成过程中.
肽链的一端含有一个氨基,另一端含有一个羧基.
氨基酸分子数-肽链数=脱去水分子数=肽键数