解题思路：生物进化的实质的种群基因频率的改变，自然选择使得种群基因频率发生定向改变，突变和基因重组为生物进化提供原始材料．生物性状多样性的直接原因是蛋白质具有多样性，即氨基酸的种类、数量和排列顺序以及空间结构不同．隔离的实质是阻断基因交流．
A、自然选择、突变和基因重组、选择都会导致种群基因频率发生改变，A错误；
B、基因重组在变化越剧烈的环境（生物可承受的范围内）中对生物进化的作用越大，使得种群基因频率发生定向改变，B正确；
C、从分子水平上看，生物性状具有多样性的根本原因是DNA的多样性，即碱基对的排列顺序具有多样性，C错误；
D、基因交流是指生物个体之间相互交配，能产生可育的后代，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 生物进化与生物多样性的形成；基因频率的变化．
考点点评： 本题考查生物进化的相关知识，意在考查学生的识记和理解能力，属于中档题．