首先：你要知道,蛋白质是带有电荷的,一种蛋白质在某一个pH下,蛋白质的电荷被中和,溶解度最小,这个pH成为等电点.（你们用的蛋白质的等电点估计就是4.7）
其次,乙醇使得蛋白质的二级、三级、四级结构变化,但是不改变蛋白质的一级结构,也就是说,蛋白质还是原来的两性物质（既有酸性又有碱性,所以能够溶于酸和碱）.
好了
1号管有乙醇,还有缓冲液（缓冲液就是由酸碱组成的）,1号管沉淀了,你要说明这是因为乙醇而不是缓冲液啊.
所以你需要二号三号管来证明,酸和碱都没有使蛋白质沉淀（因为变性的蛋白质被酸碱溶解了）,而且中和之后就发现沉淀出现了,说明沉淀是因为乙醇而不是酸碱.
至于甲基红,是为了指示酸碱度,你不是要中和嘛,没有指示剂你怎么滴定?