解题思路：生命系统的层次有：细胞，组织，器官，系统，个体，种群，群落，生态系统，生物圈．
A、细胞是生命系统中最基本的结构层次，分子、原子等不属于生命系统的结构层次，A错误；
B、生态系统是生命系统的结构层次，生态系统包括生物因素和非生物因素，B错误；
C、细胞学说使人们对生命的认识进入到细胞水平，C错误；
D、细胞学说是施莱登和施旺在总结前人的成果的基础上结合自己的研究得出的，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 细胞的发现、细胞学说的建立、内容和发展．
考点点评： 本题考查细胞相关知识，意在考查考生能运用所学知识与观点，通过比较、分析与综合等方法对某些生物学问题进行解释、推理，做出合理的判断或得出正确的结论能力．