解题思路：根据题意分析可知：水稻的迟熟和早熟是一对相对性状，遵循基因的分离定律．纯合的迟熟水稻EE和早熟水稻ee杂交，F1的遗传因子为Ee，表现型为迟熟水稻，F1自交得F2，F2的遗传因子组成是EE、Ee和ee，其比例为1：2：1；表现型为迟熟和早熟，其比例为3：1．
A、由于亲本是纯合的迟熟水稻EE和早熟水稻ee杂交，所以F1的遗传因子组成是Ee，表现型为迟熟，A正确；
B、F1自交时产生的雌雄配子中，遗传因子E：e=1：1，但雌雄配子数目不等，雄配子数目多于雌配子数目，B错误；
C、F1的遗传因子组成是Ee，自交后得F2，F2的遗传因子组成是EE、Ee和ee，其比例为1：2：1，C正确；
D、由于迟熟受遗传因子E控制，早熟受遗传因子e控制．F2的遗传因子组成是EE、Ee和ee，其比例为1：2：1，所以F2的表现型为迟熟和早熟，其比例为3：1，D正确．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因的分离规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查基因分离定律的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题的能力．