解题思路：根据题意，三体在减数分裂时，3条同源染色体中的任意2条配对联会并正常分离，另1条染色体随机移向细胞一极，各种配子的形成机会和可育性相同．所以EEe产生的配子有四种，为EE、Ee、E、e，比值分别为1：2：2：1．
（1）果蝇体中有2个染色体组，在减数第一次分裂中期，染色体数目不变，所以还是2个染色体组．若对果蝇基因组进行研究，应测序条染色体为Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、X、Y，共5条染色体．
（2）无眼果蝇的基因型为ee，纯合有眼果蝇的基因型为EE，正常情况下，子代为Ee，表现为有眼，根据题意，后代出现一只无眼果蝇，该无眼果蝇可能因基因突变引起，基因型为ee，也可能是染色体变异引起，基因型为e，单体的形成属于染色体变异．
（3）EEe产生的配子有四种，比值为EE：Ee：E：e=1：2：2：1．该果蝇与无眼果蝇杂交，子代为EEe：Eee：Ee：ee=1：2：2：1，其中EEe、Eee、Ee都是有眼，所以有眼所占比例为[5/6]．
（4）②用腿部无斑纹雌果蝇与腿部有斑纹雄果蝇杂交，若位于X染色体上的特有区段，则为XhXh×XHY，后代中雄果蝇腿部无斑纹、雌果蝇腿部有斑纹．
③若位于常染色体上，则为hh×HH，后代雌雄果蝇腿部均有斑纹，若位于X、Y染色体的同源区段，则为XhXh×XHYH，后代雌雄果蝇腿部均有斑纹，可让子代继续杂交进行区分，若位于常染色体上，则杂交子代雌雄果蝇均有两种性状，若位于X、Y染色体的同源区段，则杂交子代雄果蝇腿部有斑纹，雌果蝇表现为两种性状．
故答案为：
（1）2 5
（2）ee或e 染色体变异
（3）EE：Ee：E：e=1：2：2：1 [5/6]
（4）②后代中雄果蝇腿部无斑纹、雌果蝇腿部有斑纹
③雌雄果蝇均有两种性状 雄果蝇腿部有斑纹，雌果蝇表现为两种性状
点评：
本题考点： 基因的分离规律的实质及应用；染色体数目的变异．
考点点评： 本题考查遗传规律与变异知识，意在考查考生能从课外材料中获取相关的生物学信息，并能运用这些信息，结合所学知识解决相关的生物学问题．