解题思路：变异包括可遗传变异和不可遗传变异，前者是由于遗传物质改变引起的，后者是环境因素引起的．
（1）基因突变是基因结构的改变，包括碱基对的增添、缺失或替换．自然界中所有生物都可以发生基因突变．
（2）基因重组是指同源染色体上非姐妹单体之间的交叉互换和非同源染色体上非等位基因之间的自由组合．只有进行有性生殖的生物才能发生基因重组．
（3）染色体变异是指染色体结构和数目的改变．染色体结构的变异主要有缺失、重复、倒位、易位四种类型．染色体数目变异可以分为两类：一类是细胞内个别染色体的增加或减少，另一类是细胞内染色体数目以染色体组的形式成倍地增加或减少．只有真核生物才有染色体，才可能发生染色体变异．
（1）细菌属于原核生物，其可遗传的变异来源只有基因突变一种，即①；
（2）变形虫属于真核生物，但不能进行有性生殖，因此其可遗传的变异来源包括基因突变和染色体变异，即①③．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因突变的特征；染色体结构变异和数目变异．
考点点评： 本题考查生物变异的相关知识，要求考生识记生物变异的类型，掌握基因突变、基因重组和染色体变异发生的范围，能准确判断细菌和变形虫的变异来源．