解题思路：观察DNA和RNA在细胞中的分布实验的原理：甲基绿和吡罗红两种染色剂对DNA和RNA的亲和力不同，利用甲基绿和吡罗红混合染色剂对细胞染色，同时显示DNA和RNA在细胞中的分布，观察的结果是细胞核呈绿色，细胞质呈红色，说明DNA主要分布在细胞核，RNA主要分布在细胞质．
A、甲基绿使DNA呈绿色，A错误；
B、甲基绿吡罗红染色的实验结果可知：RNA主要分布在细胞质中，B错误；
C、观察DNA和RNA在细胞中的分布实验中，经过盐酸的水解后，细胞已经死亡，C错误；
D、线粒体需要用健那绿染色，而健那绿是专一性染线粒体的活细胞染料，因此需要保持细胞活性，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： DNA、RNA在细胞中的分布实验．
考点点评： 本题考查观察DNA和RNA在细胞中的分布实验、观察线粒体和叶绿体实验，对于此类试题，需要考生注意的细节较多，如实验原理、实验选取的材料是否合适、实验采用的试剂及试剂的作用、实验现象及实验结论等，要求考生在平时的学习过程中注意积累．