解题思路：生物多样性包括遗传多样性（基因多样性）、物种多样性和生态系统多样性．其中物种多样性是指动物、植物和微生物种类的丰富性．遗传多样性可以通过PCR技术进行检测．辛普森指数是一种简便的测定群落中物种多样性的指数．
①、水稻的性状差异是突变和基因重组导致的，是多种基因相互作用的结果，故①正确；
②、物种多样性是指动物、植物和微生物种类的丰富性，而水稻只是一个物种，不存在物种多样性，故②错误；
③、PCR技术是检测基因多样性（遗传多样性）的最简便的方法，故③正确；
④、辛普森指数是一种简便的测定群落中物种多样性的指数，故④错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 基因、蛋白质与性状的关系；生物多样性保护的意义和措施．
考点点评： 本题考查变异、种群及生物多样性的相关知识，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系，形成知识的网络结构的能力；能运用所学知识与观点，通过比较、分析与综合等方法对某些生物学问题进行解释、推理，做出合理的判断或得出正确的结论．