解题思路：由在△ABC中，∠C=90°，∠BAC=60°，可求得∠B的度数，又由AB的垂直平分线DE交AB于点D，交BC于点E，可得AE=BE，即可得∠CAE=30°，又由含30°角的直角三角形的性质，求得答案．
∵在△ABC中，∠C=90°，∠BAC=60°，
∴∠B=30°，
∵DE是AB的垂直平分线，
∴AE=BE，
∴∠BAE=∠B=30°，
∴∠CAE=∠BAC-∠BAE=30°，
∵CE=3cm，
∴AE=2CE=6cm
∴BE=6cm．
故选B．
点评：
本题考点： 线段垂直平分线的性质；含30度角的直角三角形．
考点点评： 此题考查了线段垂直平分线的性质以及含30°角的直角三角形的性质．此题难度不大，注意掌握数形结合思想的应用．