解题思路：常考的真核生物：绿藻、衣藻、真菌（如酵母菌、霉菌、蘑菇）、原生动物（如草履虫、变形虫）及动、植物．
常考的原核生物：蓝藻（如颤藻、发菜、念珠藻、蓝球藻）、细菌（如乳酸菌、硝化细菌、大肠杆菌等）、支原体、放线菌．
①乳酸菌是细菌，属于原核生物；
②变形虫是原生动物，属于真核生物；
③肺炎双球菌是细菌，属于原核生物；
④蓝藻属于原核生物；
⑤酵母菌是真菌，属于真核生物．
由此可见，结构最相似的一组是①③④．
故选：C．
点评：
本题考点： 原核细胞和真核细胞的形态和结构的异同．
考点点评： 本题考查原核细胞和真核细胞的形态和结构的异同，对于此类试题，考查需要掌握一些常考的生物所属的类别，特别是原核生物，包括蓝藻、细菌、支原体、衣原体、放线菌，其中对于细菌的判断，要掌握技巧，一般在菌字前有“杆”、“球”、“螺旋”和“弧”等字样的都为细菌．