解题思路：生命系统的结构层次：细胞→组织→器官→系统→个体→种群→群落→生态系统→生物圈．
①细胞：细胞是生物体结构和功能的基本单位．
②组织：由形态相似、结构和功能相同的一群细胞和细胞间质联合在一起构成．
③器官：不同的组织按照一定的次序结合在一起．
④系统：能够共同完成一种或几种生理功能的多个器官按照一定的次序组合在一起．
⑤个体：由不同的器官或系统协调配合共同完成复杂的生命活动的生物．
⑥种群：在一定的自然区域内，同种生物的所有个体是一个种群．
⑦群落：在一定的自然区域内，所有的种群组成一个群落．
⑧生态系统：生物群落与他的无机环境相互形成的统一整体．
⑨生物圈：由地球上所有的生物和这些生物生活的无机环境共同组成．
①一个池塘中所有生物的总和属于群落；
②某一池塘中的全部鱼类不属于种群，也不属于群落，更不属于生态系统；
③肺炎患者肺部的肺炎双球菌属于种群；
④一根枯木及枯木上所有生物属于生态系统．
所以，③①④依次属于生命系统结构层次中的种群、群落和生态系统．
故选：D．
点评：
本题考点： 细胞的发现、细胞学说的建立、内容和发展．
考点点评： 本题考查生命系统的结构层次，要求考生识记生命系统的结构层次，能准确判断各选项所属的结构层次，再根据题干要求选出正确的答案即可，属于考纲识记层次的考查．