微波在穿透组织时会使生物体内的如水、脂肪、蛋白质、糖类等分子发生谐振,通过分子之间高速的轮摆摩擦运动而产生高热,这就是微波的热效应.
由于微生物细胞液吸收微波的能力优于周围的其它介质,因此在微波电磁场中的细胞将迅速破裂而导致菌体细胞死亡.