解题思路：现代生物进化理论认为，在自然选择的作用下，具有有利变异的个体有更多的机会产生后代，种群中相应的基因频率会升高，具有不利变异个体留下后代的机会很少，种群中相应的基因频率会下降，自然选择通过作用于个体的表现型对个体进行选择从而改变种群的基因频率，种群不仅是生物繁殖的单位，也是生物进化的单位；群落演替过程是随着时间推移一个群落被另一个群落取代的过程，经过群落演替，群落会达到相对稳定的阶段；生态系统的功能包括生态系统的物质循环、能量流动和信息传递；共同进化是指不同物种之间，生物与外界环境之间的不断进化、发展，通过漫长的共同进化形成了生物多样性，生物多样性包括基因多样性、物种多样性和生态系统的多样性．
A、自然选择通过作用于个体的表现型对个体进行选择从而改变种群的基因频率，种群不仅是生物繁殖的单位，也是生物进化的单位，A正确；
B、群落的演替过程是群落结构由简单到复杂的过程，演替到顶级阶段时，各种群数量和群落结构能保持相对稳定，B正确；
C、生态系统的功能包括生态系统的物质循环、能量流动和信息传递，C正确；
D、共同进化是指不同物种之间，生物与外界环境之间的不断进化、发展，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 现代生物进化理论的主要内容；生物的多样性；群落的演替；生态系统的功能．
考点点评： 本题的知识点是现代生物进化理论内容，群落演替，生态系统的功能，对于相关知识点的综合应用是解题的关键．