我觉得你的问题本身就有点不大妥当,是不是对生物多样性的概念没有搞懂.
生物多样性（biodiversity）是指一定范围内多种多样活的有机体(动物、植物、微生物) 有规律地结合所构成稳定的生态综合体.这种多样包括动物、植物、微生物的物种多样性,物种的遗传与变异的多样性及生态系统的多样性.其中,物种的多样性是生物多样性的关键,它既体现了生物之间及环境之间的复杂关系,又体现了生物资源的丰富性.生物多样性是生物及其与环境形成的生态复合体以及与此相关的各种生态过程的总和,由遗传（基因 ）多样性,物种多样性和生态系统多样性等部分组成.遗传（基因）多样性是指生物体内决定性状的遗传因子及其组合的多样性.物种多样性是生物多样性在物种上的表现形式,可分为区域物种多样性和群落物种（生态）多样性.生态系统多样性是指生物圈内生境、生物群落和生态过程的多样性.遗传（基因）多样性和物种多样性是生物多样性研究的基础,生态系统多样性是生物多样性研究的重点.
按照上面的概念和联系来说,遗传基因多样性是增加生物多样性的,对我们种质资源和生物多样性的保护是有好处的.
但是,我也一直在思考一个问题.根据木村的理论,生物的进化偏向于中性选择,就是基因突变是随机的,不存在有利有害,经过若干世代可以固定下来或者消失.假如,在一个特定的时期,一个物种的基因发生大规模突变,造成了基因频率和基因型频率偏离平衡定律,具有遗传多样性,但是在几个世代内这种大规模突变又不能固定下来,导致群体内大量个体死亡.换句话说,就是预期增加的基因多样性没有得逞,反而丢失了以前的一些稀有基因,从而有可能造成生物多样性降低.