解题思路：A、过滤后的水中任然含有可溶性物质；
B、澄清的河水中可能含有对人体有害的物质；
C、自来水要经过煮沸后方可饮用；
D、纯净水中对人体有益的微量元素和无机矿物质被全部除掉．
A、河水经过过滤处理后，得到的水含有水、可溶性钙镁化合物等物质，属于混合物，故A错误．
B、澄清的河水中可能含有对人体有害的物质，不能直接饮用，故B错误；
C、自来水的经过滤、消毒杀菌后的饮用水，要煮沸后饮用，故C错误；
D、纯净水中缺少对人体有益的微量元素和无机矿物质，所以长期饮用纯净水对身体健康不一定有益，故D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 过滤的原理、方法及其应用；自来水的生产过程与净化方法．
考点点评： 水是大自然赐予人类的宝贵资源，我们一定要好好的利用保护，相关考题在中考中会经常出现．