A、根据丙氨酸分子结构模型可知,一个丙氨酸分子由3个C原子、7个H原子、2个O原子和1个N原子所构成;而丙氨酸是由丙氨酸分子所构成;故A不正确;
B、根据每个C原子含6个质子、每个O原子含8个质子、每个H原子含1个质子、每个N原子含7个质子,而一个丙氨酸分子由3个C原子、7个H原子、2个O原子和1个N原子所构成,则一个丙氨酸分子中质子数=6×3+1×7+8×2+7×1=48≠89,故B不正确;
C、根据物质的构成和根据丙氨酸分子结构模型可知,丙氨酸是由丙氨酸分子构成的,故C正确;
D、根据丙氨酸分子结构模型可知,丙氨酸分子由3个C原子、7个H原子、2个O原子和1个N原子所构成,故丙氨酸的化学式可表示为C3H7O2N而非C3H6O2N,故D不正确;
故选C.