根据"三界"理论,可将生物分为古细菌,真细菌和真核生物.其中,真细菌包含我们一般所说的细菌.而真菌是隶属于真核生物的,而且是较低等的真核生物,例如霉菌,酵母等.
古细菌是新近发现的,多生活在极端条件下.例如高温,高盐的环境中.真细菌是原核生物.
古细菌,真细菌和真核生物在生物进化地位上的关系目前认为是:三者起源与共同的祖先,但真细菌较早地分离出去,因而古细菌与真核生物的亲缘关系相对较近.古细菌与真细菌在生命代谢活动方面有较大相似点,而古细菌和真核生物在基因的复制,转录及翻译等过程中比较相似.
但随着生物信息学的发展及系统发生分析的进一步深入,人们发现先前的"三界"理论似乎面临着较大的挑战.