解题思路：根据分子、原子、离子的性质、物质的构成及微粒之间的关系来分析解答．
A、原子尽管很小，但还可以再分，原子可由原子核和电子构成，故A错误；
B、原子在变为离子时，变化的是核外电子，而质子数不变，故B错误；
C、当液态水变成冰，说明水分子之间有间隔且间隔变小，故C错误；
D、根据常见物质的构成，如水由分子构成，铁由原子构成，氯化钠由离子构成，则分子、原子、离子都可以直接构成物质，故D正确；
故选：D．
点评：
本题考点： 原子的定义与构成；分子、原子、离子、元素与物质之间的关系；原子和离子的相互转化；分子的定义与分子的特性．
考点点评： 本题考查学生对微观粒子的认识，学生应正确理解微粒的微观性，并熟悉它们是构成物质的微观粒子．